Mikrobiellt övervakningsprogram för SARS-CoV-2

Syfte

Övervakningen har som syfte att följa förekomsten och spridningen av SARS-CoV-2, inklusive olika varianter av viruset, i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och åtgärder för regioner, myndigheter och andra aktörer i samhället samt bidra till internationellt kunskapsutbyte. Den mikrobiella övervakningen omfattar övervakning av virusvarianter med sekvensering i patientprover och avloppsvatten, samt sentinelprovtagning. Därutöver övervakas förekomsten av antikroppar mot SARS-CoV-2 i befolkningen, vilket används som underlag för rekommendationer om covid-19 vaccination och behov av påfyllningsdoser.

Omfattning

Helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 i patientprover inom det mikrobiella övervakningsprogrammet utförs huvudsakligen av regionala laboratorier mot ersättning från Folkhälsomyndigheten. Den maximala nationella volymen av sekvenserade prover som ersätts av Folkhälsomyndigheten är 210 helgenomsekvenser per månad. Varje region kan söka ersättning för 10 sekvenser per provtagningsmånad.

Inklusionskriterier:

• Ett representativt urval av prov från individer som slutenvårdas för covid-19 samt fall bland omsorgstagare inom särskilt boende. Prov från individer vårdade i intensivvården ska prioriteras.
• Endast prover som bedöms innehålla tillräcklig mängd virus för framgångsrik sekvensering bör analyseras.
• Vid regionala utbrott av nationellt intresse kan utredning med ytterligare sekvensering vara motiverad, kontakta Folkhälsomyndigheten för diskussion.

Metodik

Övervakningen omfattar både löpande molekylär typning av virusvarianter från patientprover, övervakning av virusvarianter i avloppsvatten i samarbete med Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), samt tvärsnittsstudier med antikroppspåvisning.

För analys av prov genomförs nukleinsyrapåvisning med PCR enligt WHOs riktlinjer samt helgenomsekvensering. Den serologiska analysen inkluderar mätningar av antikroppsnivåer mot olika SARS-CoV-2 proteiner.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

• Covid-19 – sjukdomsstatistik (årsrapporter)
• Covid-19 veckorapporter
• Undersökningar och studier om covid-19 i befolkningen
• Avloppsbaserad övervakning av smittämnen
• Utbrott vi särskilt bevakar

Läs mer

Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram