Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 1

Detta är den första genetiska karakteriseringen av SARS-CoV-2 i Sverige. Den fokuserar på de genetiska grupper som identifierats i diagnostiken under den tidiga fasen av pandemins utbredning i Sverige och omfattar isolat från fall diagnosticerade under perioden 31 januari 2020 när landets första fall av covid-19 diagnosticerades, till och med den 15 mars 2020 då samhällssmitta av covid-19 hade konstaterats i Sverige.

Utifrån analysen av virus arvsmassa kan den smitta vi ser i landet så här långt, i huvudsak grupperas två eller tre genetiska grupper beroende på system. De genetiska grupper som identifieras i Sverige är samma som förekommer i den omfattande smittspridning som utvecklades under februari i Europa. En av de genetiska grupperna är även förekommande i den smittspridning som konstaterats i New York i slutet av februari och början av mars. Majoriteten av de genetiska grupper som finns rapporterade från de tidiga smittkedjorna, främst från Asien till Europa, kan endast påvisas med enstaka fall i det analyserade svenska materialet vilket indikerar att smitta från dessa genetiska grupper hittills inte fått någon omfattande spridning i Sverige och potentiellt brutits helt.