Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 6

Den sjätte delen i rapportserien om genetisk karakterisering av SARS-CoV-2 i Sverige omfattar vecka 23 till 33, 2021. Övervakningsprogrammet för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 omfattar minst 10 procent av de positiva proverna per vecka och region men under denna period har antalet fall varit begränsat, vilket möjliggjort analys av en större andel av PCR-positiva prover med helgenomsekvensering.

I rapporten beskrivs förekomsten av virusvarianter av särskild betydelse enligt ECDCs definition under rapportperioden; B.1.1.7 (alfa), B.1.1.7 med mutation E484K, B.1.351 (beta), P.1 (gamma) samt B.1.617.2 (delta).

Under rapportperioden har incidensen av covid-19 i Sverige sjunkit till låga nivåer under sommaren för att därefter åter stiga något under sensommaren. B.1.1.7 (alfa) som dominerade under våren och i början av perioden ersätts av B.1.617.2 (delta) som mot slutet av perioden helt dominerar både i prover från inhemskt smittade och utlandsresenärer. B.1.351 (beta), P.1 (gamma) samt B.1.1.7 med E484K påvisas alla i ett mindre antal fall under perioden.