Nationellt referenslaboratorium för högpatogena virus, riskklass 3 och 4
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter samt övriga funktioner NRL tillhandahåller.
Omfattning
Rabies- och poxvirus (variola- och vaccinavirus, övriga poxvirus), MERS-CoV, SARS-CoV-1, ebola-, Krim-Kongo-, marburg- och lassavirus, övriga inkluisve RVF-virus, nipah- och hendravirus samt okända virus.
Referensdiagnostik
Majoriteten av högpatogena virus i riskklass 3 och 4 analyseras inom ramen för beredskapsdiagnostiken vid Folkhälsomyndigheten. Många agens är ovanliga och kräver arbete i BSL-3 eller 4. Folkhälsomyndigheten har dessutom tillgång till internationella nätverk som gör att diagnostik som inte finns vid myndigheten kan upprätthållas och göras tillgänglig för Sveriges regioner. Virusdiagnostik som ingår i beredskapsdiagnostiken, se lista på urval i tabell 1 eller på Mikrobiologisk beredskap och 24/7-diagnostik webbsida.
Mikrobiologisk beredskap och 24/7-diagnostik (folkhalsomyndigheten.se)
För samtliga agens kan neutralisationstester och immunflurescensanalyser utvecklas med kort varsel om behov uppstår. Notera att analyser som innefattar nukleinsyrepåvisning debiteras tillägg för extraktion, beroende på frågeställningen i BSL3 eller BSL4 laboratorium.
| Analys | Metod | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|---|
| Rabiesvirus, neutraliserande antikroppar | NT | 15 dagar | 3885 kr |
| Rabies- och european bat lyssavirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Poxvirus (variola-, mpox-, cowpox-, vaccinia), nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2545 kr |
| Parapoxvirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 1 704 kr |
| MERS-CoV, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Krim-Kongo blödarfebervirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 3 530 kr |
| Lassavirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 3 530 kr |
| Marburgvirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 3 530 kr |
| Guanaritovirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Junivirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Machupovirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Chaparevirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Sabiavirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Ebolavirus (Zaire, Sudan, Tai Forest eller Bundibugyo), nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 3 530 kr |
| Rift Valley febervirus, IgG, IgM | IF | 24 timmar | 1 490 kr |
| Rift Valley febervirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 2 545 kr |
| Niphavirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 3 530 kr |
| Hendravirus, nukleinsyra | PCR | 12 timmar | 3 530 kr |
| Preparation i BSL3 laboratorium | Extraktion | – | 2 120 kr |
| Preparation i BSL4 laboratorium | Extraktion | – | 4 945 kr |
| Typning i BSL4 laboratorium | Sekvensering | – | 6 800 kr |
| Detektion av okänd patogen | Metagenomik | 3–5 dagar | 29 030 kr |
Referensmaterial
Folkhälsomyndigheten kommer i mån av möjlighet och behov att bistå med kontrollmaterial för metodutveckling och validering när så efterfrågas. Myndigheten tillhandahåller referensmaterial utan kostnad vid förfrågan, framförallt för material som inte finns att tillgå från kommersiella aktörer. Beställaren står för transportkostnader.
Expertstöd
Folkhälsomyndigheten ger expertstöd och rådgivning till behandlande läkare och laboratorier angående utredningar av patienter där misstanke om högpatogen virusinfektion föreligger. Denna rådgivning finns tillgänglig på telefon dygnet runt, alla dagar genom funktionen Klinisk mikrobiolog i beredskap, Kmib.
Utveckling och samverkan
Verksamheten utvecklar och validerar nya metoder vid behov själva eller i samverkan med andra internationella laboratorier. Den omfattande omvärldsbevakning som finns vid myndigheten ligger till grund för beslut om etablering av nya diagnostiska metoder. Vidare finns ett nära samarbete med Enheten för beredskap och krishantering som vid myndigheten ansvar för framtagande av nationella handlingsplaner för smittämnen med risk för omfattande samhällsspridning.
Dessutom är myndigheten ledare för ett konsortium (EURL-PH-ERBZV) med ett nätverk av europeiska laboratorier med expertis inom zoonotiska virala smittämnen samt nya virus.
Omvärldsbevakning och beredskap
Folkhälsomyndigheten får via sitt IHR uppdrag tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (till exempel EWRS, ECDC- och WHO kommunikation). Verksamhetschefen är dessutom national microbiological focal point för ECDC och myndigheten får dagliga uppdateringar från ECDC om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser. Myndigheten har också genom sitt samordningsansvar gentemot landets smittskydd löpande kontakt med landets samtliga smittskyddsenheter och får på regelbundna veckomöten eller via mejlinformation om aktuella smittskyddshändelser runt om i landet. Myndighetens epidemiologer får vidare information om förekomst av anmälningspliktiga flavi-, alpha- och bunyavirus över hela Sverige via systemet för rapportering av anmälningspliktiga sjukdomar (SmiNet). En systematisk litteratur och mediabevakning finns på myndigheten som genom mejluppdateringar och dagliga möten förmedlas till den laborativa verksamheten.