Nationella referenslaboratorier för atypiska luftvägspatogener

Omfattning

Legionella pneumophila, Chlamydia psittaci, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Bordetella pertussis med flera.

Fördelning av uppdrag

Karolinska Universitetssjukhuset ansvarar för diagnostik för Bordetella pertussis och Bordetella parapertussis samt påvisning av Chlamydia pneumoniae och Legionella. Akademiska Sjukhuset ansvarar för diagnostik för Mycoplasma pneumoniae och Chlamydophila psittaci samt påvisning av antikroppar mot Chlamydia pneumoniae och Legionella.Gävle sjukhus ansvarar för övervakning av makrolidresistens samt av metoder för påvisning av Mycoplasma pneumoniae. Region Skåne ansvarar för påvisning och artbestämning av Legionella spp samt typning av Legionella pneumophilia.

Referensdiagnostik

(a) Kontakta PCR-sektionen, Gävle Sjukhus, om kortare svartid önskas.

Referensmaterial

(a) Transportkostnader tillkommer.

Expertstöd

Karolinska Universitetssjukhuset förmedlar expertstöd vid medicinska konsultationer kring provtagning, diagnostik och behandling av luftvägsinfektioner orsakade av atypiska agens i olika kliniska ronder inom upptagningsområdet. Rådgivning kring implementering och kvalitetssäkring av nya metoder för diagnostik av atypiska luftvägsbakterier.

Bakteriologisk kompetens på överläkarnivå finns alltid tillgänglig under laboratoriets öppettider och expertkompetens på diagnostik av atypiska luftvägsbakterier finns i allmänhet tillgänglig vid behov av akut/halvakut konsultation, delvis även under helger.

Akademiska Sjukhuset ger expertstöd vid val och tolkning av serologiska analyser vid klinisk diagnostik och smittspårning. Vidare kan rådgivning till laboratorier ges vid etablering, validering och kvalitetssäkring av tester och metoder. Vi ger stöd kring diagnostik och typning av C. psittaci och vid frågor kring resistensproblematik hos M. pneumoniae.

Gävle sjukhus finns som resurs gällande Mycoplasma pneumoniae och kan samordna datainsamling vid nationella kartläggningar av utbrott. Laboratoriet deltar även i internationella nätverk. Laboratoriet har erfarenhet av molekylär typning av M. pneumoniae (P1-typning och MLVA-typning), samt screening av makrolidresistens.

Region Skåne (Lund) ger expertstöd kring provtagning, diagnostik, behandling och underlag för smittspårning av Legionella. Rådgivning kring implementering och kvalitetssäkring av nya metoder för Legionella species. Vid utbrottshantering av till exempel L. longbeachae kan laboratoriet bistå med diagnostik (PCR och odling) och kunskap.

Utveckling och samverkan

Karolinska Universitetssjukhuset deltar i olika nationella och internationella nätverk samt bedriver omvärldsbevakning och diskussioner om diagnostiska behov. Laboratoriet har tät kontakt med både med kliniska verksamheter, det regionala smittskyddet och Folkhälsomyndigheten. Under senare tid har laboratoriet implementerat PCR-baserad artbestämning av vissa Legionella-arter, och fortsätter att följa behovet av ny diagnostik så som molekylärepidemiologisk typning och molekylärbiologisk resistensbestämning av vissa atypiska luftvägsbakterier. Metoder för helgenomsekvensering för ett antal olika arter finns inom laboratoriet, och planering pågår för att även sätta upp metoder för helgenomsekvensering av Legionella. Karolinska Universitetssjukhus och Region Skåne arbetar gemensamt för att sätta samman ett årligt kvalitetsutskick inom molekylärbiologisk och odlingsbaserad diagnostik av Legionella.

Akademiska Sjukhuset har förbättrade prestanda med ny metodik som införts för Mycoplasma-serologi samt infört serologi för C. trachomatis efter önskemål från befintliga kunder. Förbättrad nukleinsyrabaserad detektion av C. psittaci samt möjlighet till epidemiologisk typning med subspeciesbestämning med ”high resolution meltcurve” – PCR vilket ger vägledning om smittkälla. Laboratoriet samverkar med Folkhälsomyndigheten vid utbrott av Legionella och C. psittaci.

Gävle Sjukhus är representerat i det europeiska nätverket ESCMID, Study Group for Mycoplasma Infections (ESGMI). Laboratoriet har haft i uppdrag att samordna insamling av prover och data från de svenska laboratorierna i samband med europeiska epidemiologiska studier gällande M. pneumoniae. I samverkan med övriga laboratorier inom referensområdet samt ett antal andra regioner leder laboratoriet en studie för att kartlägga förekomsten av makrolidresistenta stammar i Sverige.

Region Skåne bedriver forskning kring Legionellainfektioner i samverkan med kliniskt verksamma infektionsläkare och smittskyddsläkare för att identifiera prognostiska markörer för svårighet och utfall av sjukdomen, samt pågår forskningssamarbete med referenslaboratoriet för Legionella i Lyon, Frankrike. I samarbete med smittskydd Skåne har arbete inletts för att skapa ett regionalt Legionellanätverk med parter från laboratoriet, smittskydd, miljökontoren och även kommersiella vattenanalyslaboratorier för att utbyta erfarenheter kring diagnostik och smittspårning. Målet är att dra lärdomar som sedan kan utbytas nationellt.

Omvärldsbevakning och beredskap

Karolinska Universitetssjukhuset bevakar både litteratur och konferenser inom området samt har en systematisk dialog med klinisk verksamhet för att följa behovet både genom samverkan i olika patientflödesgrupper vid Karolinska Universitetssjukhuset och genom olika samarbete med regionala smittskyddet och Folkhälsomyndigheten. Laboratoriet har goda förutsättningar för hantering av stora provmängder i rutindiagnostiken, och kan vid behov även använda befintligt beredskapslaboratorium för att utöka analyskapaciteten ytterligare.

Akademiska Sjukhuset följer Folkhälsomyndigheten och ECDC ́s utbrottsövervakning och direktiv kontinuerligt liksom arbetar med kunskapsutvecklingen inom området både avseende utredning, behandling och diagnostikutveckling och dess relevans för rekommendationer och guidelines för hälso- och sjukvården. Laboratoriet bevakar nationella och internationella konferenser (vårmötet, ECCMID).

Gävle sjukhus deltar i det europeiska nätverket för Mycoplasma, ESGMI. Information och delaktighet i internationella studier ger kunskap om det epidemiologiska läget i Sverige i relation till övriga Europa. Forskningsstudier kommer för att följa och förstå spridningen av stammar, uppkomst av epidemier och utveckling av resistens pågår.

Klinisk mikrobiologi och vårdhygien, Region Skåne följer kunskapsutvecklingen för Legionella genom deltagande i Europeiskt nätverk för Legionella (ESGLI), och deras nätverksträffar, samt genom samarbete med det europeiska referenslaboratoriet för Legionella i Lyon. Laboratoriet ingår även i nationella nätverk mellan kliniska mikrobiologiska laboratorier och Folkhälsomyndigheten och har nära kontakt med vårdhygienisk expertis och regionala smittskyddsenheter.

Analyserna utförs i automatiserade flöden med en in house PCR-metod vilket möjliggör beredskap att skala upp till ett större provantal vid behov, tex för nationellt övervakningsprogram. Gäller även Legionellaodling.