Nationella referenslaboratorier för antibiotikaresistens

Omfattning

Fenotypisk resistensbestämning, buljongspädning och agarspädning för MIC-bestämning, lappdiffusion för resistensbestämning och genotypisk resistenskaraktärisering av bakterier.

Fördelning av uppdrag

KMKB, Kronoberg och Blekinge har huvudansvaret för fenotypisk resistensbestämning och rådgivning avseende antibiotikas lämplighet i relation till resistensbestämningsresultat. Karolinska Universitetssjukhuset ansvarar för specialmetoden agarspädning (anaeroba bakteriearter). Folkhälsomyndigheten har huvudansvar för karakterisering av resistensgener och resistensmekanismer.

Referensdiagnostik

(a) Orena isolat för buljongspädning kan förlänga svarstiden och öka kostnaden.

(b) Detektion av resistensgener som ingår i AMRFinderPlus kan utföras på relevanta bakteriearter. För resisensgener hos Mycobacterium tuberculosis-komplexet se, NRL för mykobakterier.

(c) I tillägg till helgenomsekvensering och AMRFinderPlus kan vid behov utvidgad analys utföras. Vid dessa frågeställningar där särskilt anpassad, bioinformatisk analys är nödvändig, kontakt Fohm för diskussion.

(d) Avgiften varierar med analys och eventuellt förlängning av analysen, se webbsida Nationellt Referenslaboratorium för antibiotikaresistens (mikrobiologi.org)

(a) AMRFinderPlus uppdateras löpande med agens eller grupper av agens som har specifik analys. I dagsläget finns 28 agensspecifika analyser inkluderade, se mer på:

AMRFinderPlus (ncbi.nlm.nih.gov)

Curated organisms (github.com)

(b) MLST utgår från typningscheman som underhålls på internationell nivå. Vi förlitar oss på PubMLST för våra scheman, och är därmed begränsade till de scheman som finns där. Om MLST schema existerar, kommer resultat erhållas i form av allelnummer för varje enskild allel samt ST för isolatet.

Referensmaterial

NRL har sammantaget mycket stora stamkollektioner av bakterier med olika resistensmönster och -mekanismer. Detta inkluderar fynd som ännu inte funnits i Sverige.

Expertstöd

KMKB, Kronoberg och Blekinge ger råd och stöd till andra svenska laboratorier, samt erbjuder utbildning inom området resistensbestämning. Laboratoriets läkare ger stöd vid tolkning av resultat där brytpunkter och/eller accepterad metod saknas. Kurser för ST-läkare inom mikrobiologi, samt NordicAST workshops där laboratoriet aktivt medverkat sedan 1986. Telefonrådgivning erbjuds alltid i samband med utförande av resistensbestämning av inskickade isolat. Årligen skickas 400 – 700 isolat från andra laboratorier för teknisk hjälp och rådgivning. KMKB tillhandahåller även stöd vid felsökning när laboratorier upplever problem vid resistensbestämning med lappdiffusion eller buljongspädning.

Karolinska Universitetssjukhus tillhandahåller probleminventering inom området fenotypisk resistensbestämning, särskilt för men ej begränsad till anaeroba bakterier. Laboratoriet är behjälplig med att verifiera ovanliga resistenser och kommer bygga upp kompetens även för att påvisa viktiga resistensmekanismer. Bakteriologisk kompetens på överläkarnivå finns alltid tillgänglig under laboratoriets öppettider och expertkompetens på antibiotikaresistens finns i allmänhet tillgänglig vid behov av akut/halvakut konsultation. Laboratoriet har även öppet på helger och har alltid läkarbemanning.

Folkhälsomyndigheten bistår med expertstöd för sekvenseringsmetodik och analyser av sekvensdata för genotypisk resistenskaraktärisering, oberoende av sekvenseringsplattform. Detta innefattar påvisning av resistensgener, bestämning av resistensmutationer, utredning av resistensmekanismer, samt hantering och uppdatering av databaser. Laboratoriet identifierar och karaktäriserar nyupptäckta resistensgener, mekanismer och mutationer samt kartlägger extrakromosomalt DNA såsom plasmider, inklusive lokalisering av resistensgener till kromosom eller plasmid. Laboratoriet utför genetisk konfirmation av resistensgener för antibiotikaresistenta bakterier som ingår i smittskyddslagen (MRSA, ESBL-A/ESBL-M, ESBL-CARBA, VRE). Laboratoriet bistår även med tolkningsstöd vid karakterisering av cefalosporinresistens hos Haemophilus influenzae, linezolidresistens hos enterokocker, karbapenemaser hos Pseudomonas species, Acinetobacter species, och Bacteroides species, samt kolistinresistens hos Enterobacterales.

Utveckling och samverkan

KMKB, Kronoberg och Blekinge är en del EUCASTs utvecklingslaboratorium, WHO CC för resistensbestämnings-metoder och EUs Referenslaboratorium för Antibiotikaresistens. KMKB utvecklar underlag för fastställande av metoder och brytpunktsunderlag för nya antibiotika och för bakteriearter för vilka underlag fortfarande saknas samt utvecklar och gör tillgängligt referensmaterial och validerar via ett formaliserat internationellt nätverk nya metoder. Laboratoriet assisterar även flera internationella EQA program.

Karolinska Universitetssjukhuset deltar i nationella och internationella nätverk, bedriver omvärldsbevakning och diskussioner om diagnostiska behov. Ledare för NRL följer detta genom rollerna i EUCAST (immediate past chair) och NordicAST (en av 3 representanter för Sverige). MDK samverkar med Avdelningen för klinisk mikrobiologi i Odense, Växjö, och Cardiff för utveckling av resistensbestämningsmetodik för anaerober. MDK utvecklar fenotypiska tester och långsiktiga anpassningar av agarspädningsmetoden för att göra den mer tillgänglig för andra rutinlaboratorier och därigenom öka kvaliteten i resistensbestämning av anaerober.

Folkhälsomyndigheten utvecklar och validerar nya analyser när ett nationellt behov föreligger. Kunskapsbasen inom analys och tolkning av sekvenseringsresultat utvecklas kontinuerligt genom nationella övervakningsprogram, nationella studier, och deltagande i nationella och internationella nätverk. Myndigheten har en roll inom nationell samverkan kring genotypisk resistenskaraktärisering med helgenomsekvensering, och deltar i ett stort antal internationella samverkansgrupper. Folkhälsomyndigheten och KMKB ingår i ett nordiskt nätverk för EQA- utbyte för genetisk och fenotypisk resistensbestämning inklusive bioinformatisk analys och släktskapsanalyser.

Omvärldsbevakning och beredskap

NRL har historisk och aktuell erfarenhet av internationell samverkan och samarbete med ECDC inom området antibiotikaresistens (metoder, karakterisering och övervakning) och utveckling av metoder inom området.

KMKB, Kronoberg och Blekinge och Folkhälsomyndigheten är WHO CC inom området antibiotikaresistens och KMKB tar emot kolleger från hela världen för studiebesök och deltagande i utveckling och utbildning. KMKB är vidare utnämnt till EU-RL för antibiotikaresistens, där beredskap och omvärldsbevakning är centrala uppgifter. KMKB är representerade i såväl EUCAST som NordicAST och leder en av samverkansgrupperna mellan EUCAST och CLSI. MDK har genom NRL-ledarens centrala plats i europeisk mikrobiologi en självklar bevakning av aktivitet på området.

Karolinska Universitetssjukhuset har för närvarande en representant i EUCAST Steering Committee, två personer i NordicAST (den Nordiska metodgruppen inom resistensbestämning) samt en representant som är rådgivare för CLSI, inklusive Working group for anaerobes.

Folkhälsomyndigheten utför löpande omvärldsbevakning inom teknikområdet helgenomsekvensering för att säkerställa att metodologin och databaser som används är ändamålsenliga och uppdaterade. Folkhälsomyndigheten får via sitt uppdrag tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (till exempel via EWRS, ECDC och WHO). De mikrobiella övervakningsprogrammen är en viktig plattform för att upptäcka nationell spridning av resistenta bakterier.