Nationella referenslaboratorier för bakteriella tarmpatogener

Omfattning

Campylobacter, Clostridioides difficile, Salmonella, Shigella, Yersinia non-pestis, Vibrio cholerae, EHEC och Helicobacter.

Fördelning av uppdrag

Vid frågor och diskussioner kontaktas Hallands Sjukhus, om det inte är tydligt att frågan hanterades av Folkhälsomyndigheten eller Sahlgrenska Universitetssjukhus. De smittämnen som hanteras av NRL kan i vissa fall identifieras i prov tagna från andra platser än magtarmkanalen. Sådan primärdiagnostik faller utanför uppdraget för NRL och hanteras av lokalt mikrobiologiskt laboratorium, även om NRL kan tillhandahålla agensspecifik expertis och diagnostik. NRL tillhandahåller primärdiagnostik i prov från magtarmkanalen samt utvidgade analyser som typningar av primära isolat från olika lokaler.

Referensdiagnostik

Referensmaterial

Referensstammar för bakteriella tarmpatogener finns att tillgå hos CCUG och paneler för externkontroll finns tillgängligt från olika leverantörer, ATCC, NTCC med flera. Hallands Sjukhus framställer en feces-panel för kvalitetskontroll för Equalis som distribueras av dem mot en avgift. Hallands sjukhus kan tillhandahålla positivt ursprungsmaterial för verifiering/etablering av PCR-metoder för diagnostik (ingen avgift).

Folkhälsomyndigheten har tillgång till referensmaterial bestående av kliniska isolat insamlade inom de nationella övervakningsprogrammen. Myndigheten framställer en ehec-panel för kvalitetskontroll för Equalis som distribueras av dem mot en avgift.

Sahlgrenska Universitetssjukhus tillhandahåller för närvarande ej paneler, kvalitetsprover eller liknande.

Expertstöd

Hallands Sjukhus erbjuder stöd till andra laboratorier vid utredning av svårbedömda prover samt stöd vid etablering, validering/verifiering och kvalitetssäkring av PCR-baserade metoder. Vid behov av stöd vid utbrott/back-up i en utbrottssituation kan primärdiagnostik erbjudas och vid misstänkt falskt negativa resultat för prover tagna under utbrott kan kompletterande diagnostik tillhandahållas.

Universitetssjukhuset Örebro erbjuder typning av C.difficile med MALDI-TOF baserad metod och helgenomsekvensering vid misstanke om utbrott och/eller hypervirulent stam och kan också ge stöd i diskussion kring val av primär analysmetod. Vid omfattande konsultinsatser kommer självkostnadsprincip tillämpas vid uttag av konsultarvode för att täcka omkostnader för relevant expertis.

Folkhälsomyndigheten bistår med expertstöd avseende Epidemiologisk typning, tolkning av analysresultat och expertstöd vid utbrottsutredningar för yersinia, campylobacter, salmonella, shigella, ehec och kolera. Det gäller bland annat bedömning om antal prov som behöver isoleras eller typas vid utbrott, av om olika isolat hör ihop, har påvisad typ uppträtt i andra delar av världen, vilka specifika markör föreligger inom utbrottet, virulens, resistens och liknande. För C. difficile bistår myndigheten SME och vårdhygienenheter med expertstöd gällande typfördelningar i landet, incidensjämförelser nationell och internationellt, samt vid specialförfrågningar om vissa typers egenskaper såsom utbrottsbenägenhet eller resistensmönster.

Sahlgrenska Universitetssjukhus tillhandahåller allmän kompetens, men för närvarande inte specifik spetskompetens för analyser som tillhandahålls inom NRL.

Utveckling och samverkan

Vid Hallands Sjukhus finns välfungerande PCR- och odlingsmetoder för alla bakteriella tarmpatogener som ingår i NRL-funktionen. Utveckling av konfirmerande PCR-tester och optimering av odlingsmetoder för utvärdering av PCR-positiva resultat pågår. NRL samverkar med nationella och internationella nätverk och specialistföreningar inom området samt smittskydd.

Vid Universitetssjukhuset Örebro finns erfarenhet av och erbjuder möjligheter att samverka i kvalitets-, utvecklings- och forskningsarbeten med andra laboratorier eller kliniker.

Folkhälsomyndigheten bedriver utveckling och validering av nya analyser när ett nationellt behov föreligger. Kunskapsbasen inom analys och tolkning av typningsresultat och molekylär epidemiologi utvecklas kontinuerligt genom nationella övervakningsprogram, nationella studier, och deltagande i nationella och internationella nätverk.

Myndigheten fungerar som stöd gentemot Örebro för förvaltning och utveckling av metodik, analysverktyg och databaser för PCR ribotypning och helgenomsekvensering. För MALDI HMW-typning ansvarar Folkhälsomyndigheten för förvaltning av metodiken och dess analysmjukvara.

Vid Sahlgrenska Universitetssjukhus förbättras diagnostiken vid behov utifrån, aktuell vetenskaplig litteratur, andras erfarenheter, egna tester och valideringar. Samverkan med övriga laboratorier inom NRL för att upprätthålla en hög diagnostisk kvalitet av bakteriologiska tarmpatogener och för att utveckla diagnostiken vidare utifrån vårdens behov.

Omvärldsbevakning och beredskap

Hallands sjukhus bedriver omvärldsbevakning genom litteratur-bevakning och genom tätt samarbete med smittskyddsenheten i Region Halmstad. Laboratoriet har ett nationellt kontaktnät som har etablerats genom stöd till andra laboratorier vid uppsättning och validering av nya metoder. Den omfattande automatiseringen inom den molekylärbiologiska enheten innebär att god beredskap finns tillgänglig vid behov av stöd i exempelvis utbrottssituationer.

Universitetssjukhuset Örebro upprätthålls omvärldsbevakning för typningsmetodik och epidemiologi i Sverige och internationellt genom deltagande i internationella möten och expertgrupper (bland annat via deltagande i study group inom ESCMID).

Folkhälsomyndigheten utför löpande omvärldsbevakning inom området livsmedelsburen smitta för att säkerställa att metodologin som används är ändamålsenlig och uppdaterad. Via sitt IHR uppdrag får myndigheten tidigt ta del av internationella utbrottsvarningar från EWRS, ECDC- och WHO kommunikation. Mikrobiologis avdelningschef är dessutom national microbiological focal point för ECDC och myndigheten får dagliga uppdateringar från ECDC om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser. Genom sitt samordningsansvar gentemot landets smittskydd har myndigheten löpande kontakt med landets samtliga smittskyddsenheter och får på så sätt information om smittskyddshändelser i landet. Ett tätt samarbete för att motverka livsmedelsburen smitta sker kontinuerligt med andra myndigheter som Livsmedelsverket, SVA och Jordbruksverket.

Litteratur- och mediabevakning finns vid Folkhälsomyndigheten vilket kommuniceras bland annat via mejluppdateringar/informationsbrev.

Sahlgrenska Universitetssjukhuset Allmän omvärldsbevakning bedrivs för att säkra att analyserna håller hög kvalitet.