Nationella referenslaboratorier för mykobakterier

Omfattning

M. tuberculosis, tuberkulösa- och icke tuberkulösa mykobakterier.

Fördelning av uppdrag

Uppdraget omfattar diagnostiskt, metodologiskt och tolkningsmässigt stöd avseende laboratorieanalyser för mykobakterier.

Folkhälsomyndigheten är huvudansvarigt NRL och ansvarar för utvidgad genotypisk resistenskaraktärisering samt epidemiologisk typning av bekräftade isolat av M. tuberculosis-komplexet.

Karolinska Universitetssjukhuset ansvarar för primärdiagnostik och resistensbestämning av M. tuberculosis-komplexet och NTM, samt immunologisk diagnostik för detektion av tuberkulosinfektion.

Universitetssjukhuset i Linköping har en kompletterande funktion till Karolinska Universitetssjukhuset för primärdiagnostik av M. tuberculosis-komplexet och NTM särskilt avseende helgenomsekvensering (WGS), metodutveckling, MIC-bestämning och kliniskt tolkningsstöd inom primärdiagnostik.

Vid frågor kontaktas huvudansvarigt NRL, Folkhälsomyndigheten om det inte är tydligt att frågan hanteras av kompletterande NRL som t.ex. vid kliniska frågor om primärdiagnostik för mykobakteriella infektioner respektive immunologisk för detektion av tuberkulosinfektion.

Referensdiagnostik

(a) Svar för negativt resultat ges efter 7 veckor.

(b) Svarstid efter positiv odling.

Referensmaterial

NRL hänvisa i första hand till ackrediterade kollektioner avseende referensmaterial till exempel ATCC, CCUG, NTCC. I de fall inte önskade stammar finns att tillgå tillhandahålles referensmaterial mot avgift. Extraherat DNA kan vid behov också tillhandahållas.

(a) Transportkostnad tillkommer på avgiften.

Expertstöd

Folkhälsomyndigheten tillhandahåller metod- och kvalitetsstöd såsom rådgivning kring kvalitetssäkring och implementering helgenomsekvensering för epidemiologisk typning samt expertstöd för tolkning av resistensbestämningsresultat för M. tuberculosis-komplexet. Laboratoriet kommer under 2025 att kunna erbjuda rutinmässig MIC-bestämning av främst resistent M. tuberculosis med mikrodilutionsmetod enligt EUCAST-AMST referensprotokoll för samtliga kliniskt relevanta tuberkulospreparat. Vidare förmedlar Folkhälsomyndigheten information kring ny kunskap om nya och etablerade resistensbestämningsmetoders tillförlitlighet och relevans. I samarbete med landets tuberkuloslaboratorier bedriver Folkhälsomyndigheten utvecklingen och optimering av ny diagnostisk algoritm där helgenomsekvenseringen av isolat som tillhör M. tuberculosis-komplexet i första hand utförs regionalt.

Karolinska Universitetssjukhuset förmedlar expertstöd vid medicinska konsultationer kring provtagning, diagnostik och behandling av tuberkulos och infektioner orsakade av NTM i olika kliniska ronder inom laboratoriets upptagningsområde inkl smittskyddsmöten. MDK ger även rådgivning kring implementering och kvalitetssäkring av nya metoder för primärdiagnostik av tuberkulos och NTM. Bakteriologisk kompetens på överläkarnivå finns alltid tillgänglig under laboratoriets öppettider och expertkompetens på primärdiagnostik av mykobakterier finns i allmänhet tillgänglig vid behov av akut/halvakut konsultation, dock inte systematiskt under helger.

Universitetssjukhuset i Linköping kan vid behov ge råd kring provtagning, diagnostik och behandling av tuberkulos och infektioner orsakade av NTM samt erbjuder visst metodutvecklingsstöd vad gäller helgenomsekvensering i primärdiagnostik. Laboratoriet deltar i utveckling av EUCAST-AMST referensprotokoll för MIC-bestämning med mikrodilutionsmetod för både M. tuberculosis-komplexet och NTM och har satt upp en validerad metod för MIC-bestämning av bedaquilin för M. abscessus och M. avium-intracellulare (MAC). Kompetens på överläkarnivå finns som regel tillgänglig under laboratoriets öppettider.

Utveckling och samverkan

Folkhälsomyndigheten deltar i internationella nätverk där det inhämtas och kommuniceras internationella rekommendationer avseende resistensbestämning av M. tuberculosis-komplexet. Samverkar med exempelvis WHO och EUCAST-AMST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing-Antimycobacterial Susceptibility Testing) för forskningsprojekt i syfte att producera data som underlag för fastställande av kritiska brytpunktskoncentrationer, kartlägga resistensutveckling mot nya läkemedel, karakterisera fenotypisk-genotypisk resistens, etablera referensmetodik för till exempel MIC-bestämningar samt utvärdera ny resistensbestämningmetodik. Ledare för NRL är sedan 2020 Scientific secretary inom EUCAST-AMST steering committee samt är en medarbetare vid laboratoriet Director of the WHO Supranational Reference Laboratory for Tuberculosis in Sweden.

Folkhälsomyndigheten avser fortsatt att bidra i utformandet av framtida strategier och rekommendationer som exempelvis revisionen av nationella rekommendationer för preventiva insatser av tuberkulos. Vartannat år anordnar Folkhälsomyndigheten en TB-dag som riktar sig till alla som arbetar med tuberkulos i Sverige. Även årliga möten inom det svenska TB-laboratorienätverket som utgör en viktig del av laboratoriesamverkan på nationell nivå. Nätverket utgör ett viktigt forum för återkommande diskussioner kring referensfunktioner som t.ex. kvalitetsstöd och metodutvärdering.

Karolinska Universitetssjukhuset bedriver Europeisk samverkan genom deltagande i olika nationella och internationella nätverk (EUCAST och ESCMID) samt omvärldsbevakning och diskussioner om diagnostiska behov. Ledare flr NRL följer detta genom den samordnande rollen som tidigare ordförande för EUCAST och som medlem av EUCAST Subcommittee for Antimycobacterial Susceptibility Testing (AMST). Terapeutisk läkemedelsmonitorering (TDM) genom samarbete med infektionskliniken och farmakologen avseendeterapeutisk monitorering och behovet av MIC-bestämning för att skräddarsy behandling av M. tuberculosis utifrån farmakokinetiska/farmakodynamiska principer. MDK har en Clinical genomics-enhet och jobbar där med utveckling av next-generation sequencing metodiken och hur den kan ingå i primärdiagnostiken av M. tuberculosis. Utvecklingsarbete avseende Icke tuberkulösa mykobakterier (NTM) genom att följa och utvärdera utvecklingen inom art- och resistensbestämning av NTM inkl implementering av europeiska brytpunkter och kliniska behandlingsrekommendationer.

Universitetssjukhuset i Linköping bedriver aktiv forskning samt bevakar nationella och internationella konferenser och litteratur kontinuerligt och systematiskt av NRL-ledarna. Flera lokala, nationella och internationella utvecklings- och forskningsprojekt bedrivs vad gäller primärdiagnostik och resistensbestämning av mykobakterier. Ledare för NRL deltar som Sveriges representant i EUCAST subgrupp för mykobakterier (AMST) i utveckling av referensmetodik och utveckling av kliniska brytpunkter för mykobakterier.

Omvärldsbevakning och beredskap

Folkhälsomyndigheten får via IHR uppdrag tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (till exempel EWRS, ECDC- och WHO kommunikation). Verksamhetschef vid avdelning för mikrobiologi är national microbiological focal point för ECDC och myndigheten får dagliga uppdateringar från ECDC om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser. Folkhälsomyndigheten omvärldsbevakar nya rekommendationer och riktlinjer och vetenskaplig litteratur med inriktning på resistensmetodik för M. tuberculosis-komplexet samt utgör stöd vid utbrottsutredningar både nationellt och internationellt. Det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet i kombination med myndighetens avgiftsbelagda typning utgör en viktig plattform för att upptäcka eventuell nationell spridning

Karolinska Universitetssjukhuset bevakar nya nationella och internationella rekommendationer och riktlinjer för diagnostik och behandling av tuberkulos och icke-tuberkulösa mykobakterier genom de nätverk laboratoriet deltar i, samt regelbundna möten med smittskyddsenheterna, bevakning av vetenskapliga konferenser och genom att systematiskt följa litteraturen på området.

Universitetssjukhuset i Linköping omvärldsbevakar genom EUCAST subgrupp för mykobakteriell resistensbestämning (EUCAST-AMST) kommer ny referensmetodik och brytpunkter för NTM och M. tuberculosis snabbt att kunna bevakas och implementeras. NRL-ledare bevakar aktuell litteratur och konferenser inom området.