Nationellt referenslaboratorium för bakteriell artbestämning

Omfattning

Bakteriell identifiering och klassificering med fenotypiska och genotypiska metoder.

Referensdiagnostik

Culture Collection University of Gothenburg (CCUG) tillhandahåller artidentifiering av svårtypade bakterier isolerade från patienter med infektionssjukdomar. Referensdiagnostik kan, beroende på vilka behov som finns, inkludera primär- eller fåtalsdiagnostik, bekräftande diagnostik, svårbedömda prov/provmaterial, resistensbestämning, epidemiologisk typning och liknande.

Referensmaterial

I CCUGs omfattande stamsamling finns flertalet typstammar för arter som anses vara kliniskt relevanta idag. Sammanlagt har CCUG cirka 4 000 frystorkade typstammar. Vi har flertalet av de bakteriestammar som rekommenderas som kontrollisolat inom klinisk mikrobiologisk metodologi. Frystorkade stammar kan beställas av CCUG.

Expertstöd

På CCUG finns expertkunskap för att korrekt kunna artbestämma bakterier som isolerats i odlingar på kliniskt mikrobiologiska laboratorier. Enheten har även taxonomisk expertis för att kunna beskriva och publicera nya bakteriearter. CCUG tillhandahåller rådgivning om taxonomi och bakteriell nomenklatur och är uppdaterade kring taxonomiska förändringar som publiceras internationellt, till exempel namnbyten av bakteriearter och förändrade släktträd allteftersom fler stammar helgenomsekvenseras. Enheten stöttar med kunskaper i det pågående nationella arbetet kring enhetliga bakterienamn i svarsrapporter från kliniskt mikrobiologiska laboratorier i Sverige. CCUG förvarar och tillhandahåller referensstammar till kliniska laboratorier i Sverige. Medarbetare på CCUG är tillgängliga för frågor och rådgivning via telefon och email under kontorstider på vardagar.

Utveckling och samverkan

CCUG är aktiv inom forskning och utveckling, och publicerar årligen 10–15 originalartiklar. Aktuell forskning inkluderar karakterisering och klassificering av nya bakteriearter samt utveckling av metoder för artidentifiering och påvisande av bakteriella egenskaper med helgenomsekvensering, proteomik och bioinformatik. CCUG har aktuell eller tidigare forskning om bl.a. pneumokocker, viridansstreptokocker, Corynebacterium-, Pseudomonas-, Achromobacter-, Burkholderia-, Haemophilus- och Enterobacterales-arter.

CCUG är sedan över 30 år medlem i European Culture Collections' Organisation (ECCO), den europeiska stamsamlingsorganisationen och även i det internationella samfundet World Federation for Culture Collections (WFCC), med ett stort utbyte av referensstammar och flera samarbeten med andra medlemmar. CCUG deltar i ett internationellt projekt (10 K type strain genome sequencing project) för att beskriva genomsekvenserna för referensstammarna av de viktigaste bakteriearterna inom the World Data Center for Microorganisms (WDCM). CCUG är sedan 2017 aktiv i the International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP), som övervakar och bestämmer regler för bakteriell nomenklatur. CCUG erbjuder också, i samarbete med EUCAST, paneler bestående av stammar för resistensbestämning.

CCUG har deltagit i många internationella samarbeten finansierade av Europeiska Unionen (EU), the Joint Programme Initiative (JPI) och SIDA, och har även erhållit stöd från Vinnova (VR), FORMAS med flera.

Omvärldsbevakning och beredskap

CCUG håller sig uppdaterade gällande bakteriell taxonomi och nya artbestämningsmetoder. Sekvenseringsresultat kontrolleras alltid mot internationella publika databaser, som till exempel Genbank och the List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (LPSN), för att få med nyligen beskrivna arter i jämförelser. Enheten strävar efter att göra nya, kliniskt relevanta arters typstammar publikt tillgängliga. CCUG håller sig även uppdaterade vid namnbyten, ändrad nomenklatur av bakterier och andra taxonomiska förändringar som är internationellt accepterade.

CCUG erbjuder karakterisering och identifiering av kliniska bakteriestammar och leverans av beställda stammar. All diagnostik och service bedrivs under kontorstider på vardagar.