Nationella referenslaboratorier för parasiter

Omfattning

Parasitidentifiering, artbestämning, typning och antikroppspåvisning med morfologiska, molekylärbiologiska och serologiska metoder.

Fördelning av uppdrag

Folkhälsomyndigheten har huvudansvar för området. Karolinska Universitetssjukhuset ansvarar för toxoplasma och Länssjukhuset Ryhov ansvarar för stöd avseende multiplex-PCR för påvisning av olika tarmparasiter. Ansvaret för malaria är lika fördelat mellan de fyra laboratorierna (samtliga laboratorier upprätthåller kompetens för malariamikroskopi). Folkhälsomyndigheten ansvarar för serologi och samordning av anmälningsplikt, Karolinska Universitetssjukhuset för molekylär specialdiagnostik, Länssjukhuset Ryhov för LAMP och snabbtester samt erbjuder redundans i form av molekylär specialdiagnostik och Laboratoriemedicin Skåne för utökad LAMP-diagnostik med möjlighet till delvis artidentifikation.

Vid frågor kontaktas huvudansvarigt NRL, om det inte är tydligt att frågan bör hanteras av kompletterande NRL.

Referensdiagnostik

(a) Avgift enligt överenskommelse.

Referensmaterial

Folkhälsomyndigheten bistår med material (DNA och parasiter, inte kontrollsera) för metodutveckling och validering när så efterfrågas. Laboratoriet kan även vara del i metodutvärdering mellan flera olika laboratorier.

Länssjukhuset Ryhov tillhandahåller material att använda vid metoduppsättningar/valideringar. Laboratoriet strävar efter att kunna tillhandahålla material för alla agens ingående i våra multiplex-PCR metoder men kan inte garantera att det alltid finns alla typer av material.

Karolinska Universitetssjukhus hanterar ett flertal prov positiva för malaria och toxoplasma i olika analyser. En del av sådant material sparas för interna kvalitets- och utvecklingsändamål. Efter överenskommelse kan laboratoriet bistå med kontrollmaterial för malaria och toxoplasma.

Klinisk mikrobiologi, Region Skåne hanterar ett flertal prov positiva för malaria i olika analyser och samtliga prover biobankas. Efter överenskommelse kan laboratoriet bistå med kontrollmaterial för malaria.

(a) Transportkostnader tillkommer.

Expertstöd

Folkhälsomyndigheten utgör expertstöd på nationell nivå både gällande kliniska konsultationer för behandlande läkare och metodstöd för andra laboratorier samt ger vid förfrågan råd till andra laboratorier kring etablering, validering och kvalitetssäkring av olika metoder när så bedöms som ändamålsenligt. I de fall önskad analys inte utförs på Folkhälsomyndigheten skickas provet till annat parasitologiskt laboratorium i Europa, detta görs efter noggrant övervägande av analysmetod och svarstid.

Folkhälsomyndigheten kan artbestämma och subtypa olika parasiter (Leishmania, Entamoeba histolytica/dispar, Cryptosporidium) samt bidra vid smittspårning och utbrott med artbestämning och subtypning av Cryptosporidium.

Folkhälsomyndigheten är remissinstans vid frågor inom parasitologi samt ger stöd till andra myndigheter och instanser vid t.ex. författande av informationstexter. På Folkhälsomyndighetens hemsida finns information om parasitsjukdomar, analyser och enskilda provtagningsanvisningar. Information om nya analyser sprids via nyhetsbrevet Diagnostikaktuellt, som skickas ut via e-post och som även finns på hemsidan. Via samma kanaler informeras om aktuella utbrott och analyser som kan vara aktuella. Laboratoriet deltar och undervisar vid flera kurser inom tropik- och infektionsmedicin. Folkhälsomyndigheten håller årligen den obligatoriska sidoutbildningen för ST-läkare i klinisk mikrobiologi och infektionssjukdomar där en betydande del av utbildningen berör parasitologi

Länssjukhuset Ryhov bistår med bekräftande/verifierande diagnostik både morfologiskt och molekylärbiologiskt för (vissa) tarmparasiter och Plasmodium spp och ger stöd efter förfrågan för utredning av patient med misstänkt parasitinfektion. Laboratoriet kan även vid behov (som vid tillfälliga resursbrister på ordinarie analyserande laboratorium) bistå med hjälp med rutinmässig primärdiagnostik både för molekylärbiologiska och morfologiska metoder. Laboratoriet kan bistå med material, erfarenhet, praktisk hjälp och litteraturövervakning (för både multiplex-PCR och mikroskopi för tarmparasiter samt Plasmodium spp) gällande tex val av metod och kan hjälpa till med metodutveckling/metodverifiering.

Länssjukhuset Ryhov har under flera år utvecklat en utbildning inom klinisk parasitologi för ST-läkare (framför allt inom klinisk mikrobiologi) både inom den egna regionen men framför allt till ST-läkare från andra regioner som saknar möjlighet att få denna utbildning på sina hemlaboratorier. Kursen ges 1–2 ggr per år med möjlighet att ta emot tre ST-läkare per gång. Laboratoriet erbjuder även utbildning i parasitologisk diagnostik för biomedicinska analytiker. Laboratoriet har gjort ett bildmaterial (sk bench-aid) som delas kostnadsfritt med intresserade. Denna kan användas både vid diagnostik och utbildning/upplärning av ny personal.

Karolinska Universitetssjukhuset kan förmedla expertstöd med parasitologisk kompetens vid medicinska, diagnostiska och metodologiska konsultationer vid malaria- och Toxoplasma-frågeställningar, både vid primär diagnostik, diagnostiska svårigheter och konsultation angående svåra fall. Laboratoriet kan ge stöd och råd kring mikroskopering, om morfologisk artbestämning och grad av parasitemi samt second opinion av svåra fall. Utöver det stöd kring snabbtest, LAMP-metoden och multiplex-PCR. Laboratoriet har också molekylärbiologisk kompetens som kan bistå i diskussioner kring multiplex-PCR för artidentifiering samt stötta och ge råd vid utveckling, validering och driftsättning av PCR-metoder. Laboratoriet kan förmedla stöd vid metodologiska konsultationer avseende diagnostik med Toxoplasma-serologi och Toxoplasma- och malaria-PCR.

Karolinska Universitetssjukhuset ger regelbundet i praktisk malariaundervisning för olika grupper av studenter samt utbildar ST-läkare från infektionsmedicin, deltar i undervisningen vid Infektionsklinikens SK-kurs Tropikmedicin samt utbildar ett stort antal randande läkare från hela landet.

Klinisk mikrobiologi, Region Skåne tillhandahåller expertstöd och rådgivning samt metodstöd för etablering, verifiering och kvalitetssäkring av DNA-påvisning med LAMP för Plasmodium spp., P. falciparum och P.vivax.

Klinisk mikrobiologi, Region Skåne kan erbjuda i form av prenumeration (mot avgift) återkommande bildutskick via e-post som självkontroll för artbestämning av malaria, vilket kan vara aktuellt för de som utför malariamikroskopi inom klinisk mikrobiologi och/eller infektionssjukvård. Laboratoriet deltar i den stående teoretiska och praktiska utbildningen av läkarstudenter och ST-läkare inom parasitologi, och har hållit i regional samt nationell kurs i malariamikroskopi för infektionsläkare. Egna och randande ST-läkare i klinisk mikrobiologi och infektionssjukdomar undervisas i ett särskilt block med parasitkurs/teoridagar och efterföljande klinisk placering på parasitavdelningen.

NRL för parasiter sprider information om ny kunskap och relevanta nyheter på SLIM:s webbportal, exempelvis vid snabba förändringar rörande tillgång på kit kan laboratoriet göra verifieringar som alla kan ta del av, vilket gjordes vid tidigare brist på malaria-antigentester där information om verifieringen sedan spreds bland annat via SLIM:s webbportal. Andra kanaler är via SLIM-nätverkets digitala forum samt genom aktivt deltagande i Svenskt Vårmöte för Infektion och Mikrobiologi (SVIM) samt andra aktuella forum tex Nätverk för mikrobiologisk molekylärbiologisk diagnostik (NMMD). Utöver det anordnas vid behov gemensamma nätverksträffar eller workshops inom parasitologisk diagnostik för aktiva och intresserade inom området.

Utveckling och samverkan

Folkhälsomyndigheten utvecklar och validerar nya metoder kontinuerligt efter behov i verksamheten både självständigt och i samverkan med andra. Flera nya metoder har införts under 2024, däribland PCR-analys för Schistosoma spp samt ny serologisk metod för Toxocara spp. PCR för bandmaskar är under validering.

Folkhälsomyndigheten deltar i revision av falldefinitioner baserat på metodologiska kriterier och fungerar som remissinstans för internationella dokument avseende diagnostiska strategier.

NRL för parasitologi på Folkhälsomyndigheten har lång erfarenhet av deltagande i både nationella samt internationella nätverk såsom ESCMID Study Group for Clinical Parasitology, ESCMID Study Group for Infections in Travelers and Migrants, LeishMan, Svensk förening för Tropikmedicin, Föreningen för Klinisk Mikrobiologi, Riksföreningen för mikobiologi, Equalis, Referensgruppen för Parasitologi, Swedish Malaria Network.

Forskning inom parasitologi på Folkhälsomyndigheten pågår i samarbete med Karolinska Institutet med fokus på förbättrad diagnostik, folkhälsa och med epidemiologisk inriktning.

Folkhälsomyndigheten har i samarbete med Istituto Superiore Di Sanità (ISS) i Rom, Italien utnämnts till EU Reference Laboratory (EURL) for Public Health in the field of Food-, water-, and vector-borne helminths and protozoa. Huvudfokus för detta EURL är ett samordnat arbete på Europa-nivå gällande Plasmodium spp, Toxoplasma gondii, Echinococcus spp och Trichinella spp. De ingående EURL kommer ansvara för att koordinera nätverket av nationella referenslaboratorier inom följande funktioner:

1. Referensdiagnostik
2. Referensmaterial
3. EQA
4. Vetenskaplig rådgivning samt tekniskt stöd
5. Samarbete och forskning
6. Övervakning och stöd i utbrottshantering
7. Utbildning.

Folkhälsomyndigheten kommer bland annat hålla en övergripande utbildning i parasitologi för de nationella referenslaboratorierna. Samarbetet kommer innebära goda möjligheter till vidare utveckling av parasitologisk kompetens samt ett strukturerat samarbete med de Europeiska Nationella Referenslaboratorierna.

Länssjukhuset Ryhov arbetar med och bedriver forskning inom att utvärdera, jämföra och optimera analysmetoder och utredningsstrategier (t ex tillämpning av diagnostiska algoritmer). För närvarande sker metodutveckling och forskning främst inom molekylärbiologi för påvisning av både protozoer och maskar. Detta inkluderar uppsättning och validering (kvalitetssäkring) av PCR för maskar där Schistosoma mansoni och Strongyloides kommer införas under 2025 och panelen kommer att utökas efterhand. Som tillägg till detta pågår arbete med uppsättning av multiplex-PCR för mindre förekommande protozoer och idag ingår nukleinsyrapåvisning av Cyclospora cayetanesis, Dientamoeba fragilis, Enterocytozoon bieneusi och Encephalitozoon spp och planeras utökas med fler tarmprotozoer, samt även realtids-PCR för Trichomonas vaginalis. Länssjukhuset Ryhov samverkar med industrin gällande utvärdering av nya tester och analysmetoder inom multiplex PCR-metoder.

Länssjukhuset Ryhov arbetar aktivt med metoduppsättning för molekylärbiologisk detektion och artbestämning för Plasmodium spp (P. falciparum, P. vivax, P. ovale, P. malariae och P. knowlesi) som ett komplement till landets primärdiagnostik och till den molekylärbiologiska diagnostik som finns på Karolinska Universitetslaboratoriet. Dessutom arbetar laboratoriet med uppsättning och utvärdering av PCR för Babesia spp. I uppdraget som nationellt referenslaboratorium för Borrelia och andra fästingburna bakterier finns ett stort nationellt och internationellt samarbete med flera aktörer inom fästingburna agens.

Karolinska Universitetssjukhuset etablerar ny metodik för att främja ny diagnostisk utveckling och implementering av metodförbättringar inom området där utveckling pågår av molekylär diagnostik för påvisning av resistensmutationer för malaria. Samverkan och kunskaps- samt kompetensutbyte sker inom ramen för NRL-uppdraget och i det nationella nätverket för parasitologi.

Klinisk mikrobiologi, Region Skåne arbetar fortlöpande med att utvärdera nya metoder och förbättra testalgoritmer för parasitsjukdomar. Samverkan sker mellan specialiteter inom regionen, mellan region och universitet samt i nationella och internationella nätverk. Forskning sker regionalt i samarbete med Lunds Universitet (tex inom nätverket infect@LU), nationellt bland annat i samarbete med Karolinska Institutet, och internationellt i samarbete med forskningskonsortiet LeishMan.

Omvärldsbevakning och beredskap

Folkhälsomyndigheten bedriver en strukturerad omvärldsbevakning på flera fronter och har tillgång till klassificerad förstahandsinformation gällande utbrott och ovanliga/oväntade händelser via etablerade kanaler med WHO och ECDC. Folkhälsomyndigheten upprätthåller en nationell beredskap för diagnostik och utbrottshantering bla genom dygnet runt funktionerna Tjänsteman i Beredskap, Klinisk Mikrobiolog i Beredskap samt Laborerande i Beredskap. Vid förfrågningar om diagnostik för beredskapsagens utförs även initial malariadiagnostik dygnet runt.

Det finns en intern omvärldsbevakning för parasitologi för att identifiera behov av nya analyser, upptäcka nya fall och för upprätthållande av kunskap. Myndigheten har också tillgång till information om pågående utbrott över hela Sverige via systemet för rapportering av anmälningspliktiga sjukdomar (SmiNet). Folkhälsomyndigheten driver också syndromövervakning och får rapporter om avvikande data baserat på samtal och sökningar till 1177. Folkhälsomyndigheten skickar veckovis nyhetsbrev till externa aktörer och när relevant även nyhetsbrevet Diagnostikaktuellt som riktar sig till laboratorier och infektionsläkare med information om förändringar i verksamheten, råd och omvärldsbevakning kopplat till diagnostik.

Folkhälsomyndigheten har högspecialiserad personal som utför uppgifterna regelbundet och kontinuerligt, med bemanning även under semestertider. Verksamheten har möjlighet att prioritera om vid oväntat stora provinflöden, och genom nära samarbete på avdelningen kan resurser omfördelas på avdelningsnivå. Dessutom finns det på avdelningen tillgång till analys av ”okända provet” som inkluderar NGS som kan nyttjas för förutsättningslös diagnostik.

Länssjukhuset Ryhov har en god överblick över vilka metoder och tester som finns och som används för parasitologisk diagnostik i landet och en god uppfattning om hur diagnostiken ser ut i stort i Skandinavien och övriga Europa. Genom fortsatt aktivt deltagande i olika nätverk, konferensdeltagande och litteraturbevakning håller sig laboratoriet uppdaterade om nya riskområden, utbrott och om utvecklingen inom diagnostik och forskning. Laboratoriet kommer att kunna erbjuda hjälp och stöd med primärdiagnostik vid stora utbrott eller särsklida händelser.

Karolinska Universitetssjukhuset bedriver övervakning av global epidemiologi avseende malaria- och Toxoplasma-infektioner samt utveckling av nya diagnostiska metoder. Beredskap finns för diagnostiska frågeställningar samt svårigheter avseende dessa parasitinfektioner. Omvärldsbevakning sker genom deltagande i nationella och internationella kurser och konferenser inom infektionsmedicin och mikrobiologi. Ett nära samarbete finns med infektionsmedicin inom Region Stockholm, med tropikmedicin- och malariaforskningsgruppen vid Karolinska Institutet och med Referensgruppen för parasitologi, inom ramen för ett nationellt nätverk för parasitologi.

Klinisk mikrobiologi, Region Skåne omvärldsbevakar genom deltagande i nationella och internationella möten. NRL-ledare deltar i steering comittee för LeishMan-konsortiet som bidrar till epidemiologisk övervakning genom samarbete med WHO. Beredskap finns för att efter överenskommelse ta emot prover även för de parasitanalyser som inte primärt ingår i den kompletterande NRL-funktionen men i laboratoriets utbud.