Nationella referenslaboratorier för svampar

Omfattning

Svampidentifiering och resistensbestämning.

Fördelning av uppdrag

Karolinska Universitetssjukhus har huvudansvar för primär eller verifieringsdiagnostik av ytliga eller invasiva svampinfektioner genom ett utbud av olika diagnostiska metoder samt verifierar och bistår resistensbestämning av svampar.

Sahlgrenska Universitetssjukhuset har huvudansvar för svampantigenanalyser, Pneumocystis-diagnostik och diagnostik av svampinfektioner hos patienter med cystisk fibros.

För frågor kring diagnostik hänvisas till Karolinska Universitetssjukhuset respektive Sahlgrenska Universitetssjukhus enligt nedanstående förteckning. För övriga frågor kontaktas Karolinska Universitetssjukhuset om det inte är tydligt att frågan hanteras av Sahlgrenska.

Referensdiagnostik

(a) Jästsvamp svarstid 1–3 dagar, Mögelsvamp svarstid 10 dagar, Exophiala svarstid 3 veckor.

Referensmaterial

Karolinska Universitetssjukhuset kan, vid särskilda frågeställningar bistå med kliniska svampisolat.

Sahlgrenska Universitetssjukhus kan, vid särskilda frågeställningar, bistå med serum för antigenpåvisning (betaglukan, galaktomannan), provmaterial som analyserats för Pneumocystis-PCR, samt Exophiala dermatitidis, kliniska isolat (från svampodlingar hos patienter med cystisk fibros).

(a) Transport kostnader tillkommer på avgiften.

Expertstöd

Karolinska och Sahlgrenska Universitetssjukhuset erbjuder expertstöd till kliniker och andra mikrobiologiska laboratorier gällande diagnostik av svampinfektioner. Stöd ges telefon- eller mejl ledes vid förfrågan utifrån. Expertstöd ges framför allt vad gäller råd kring indikation för olika diagnostiska metoder samt tolkning av svampantigenanalyser och resistensbestämningar. NRL delger även expertkunskapen genom regelbundna föreläsningar och utbildningar.

Utveckling och samverkan

Karolinska Universitetssjukhuset stöttar laboratorier med utveckling av diagnostik exempelvis för C. auris och T. indotineae. Laboratoriet har även konsulterats och skickat material för validering av kommersiella MIC-bestämningsmetoder vid andra laboratorier. Laboratoriet deltar och presenterar vetenskapliga arbeten inom mykologi i olika nationella och internationella konferenser (Infektionsveckan och mikrobiologiska vårmötet, SSKM, NSMM, ECMM, TIMM, ECMIID, ASM). Representanter från Karolinska har varit medförfattare i ett översiktsdokument om invasiva svampinfektioner i Sverige publicerat av RAM-gruppen, och har även representant i gruppen. Under våren 2024 granskades laboratoriet, tillsammans med Infektionskliniken, av europeiska experter från ECMM och tilldelades status som Excellence Center inom klinisk mykologi. Samverkan med EUCAST:s referenslaboratorium för antimykotika vid Statens Serum Institutet i Köpenhamn har också etablerats för att fortsätta utveckla och förbättra laboratoriets resistensmetoder. Laboratoriet befinner sig också i utvärderingsfasen av nya metoder för Candida och Aspergillus-PCR, snabbare genomsekvenseringsmetoder samt validering av metagenomisk analys av virus, bakterier och svampar i kliniska prov.

Sahlgrenska Universitetssjukhus stöttar och bistår andra laboratorier med referensmaterial för utveckling av egna metoder för betaglukananalys och har startat ett nationellt labutbyte för kvalitetssäkring av betaglukan. Sahlgrenska har även stöttat laboratorier vid validering och kvalitetssäkring av Pneumocystis-PCR. Laboratoriet har utvecklat och implementerat en metod för påvisning av Pneumocystis-DNA i blodprov i syfte att kunna erbjuda en mindre invasiv diagnostik vid Pneumocystis och tar emot blodprover även från andra regioner. Laboratoriet har även utvecklat och implementerat bättre odlingsdiagnostik för detektion av svamp hos patienter med cystisk fibros. För närvarande pågår utveckling av metod för att påvisa svamp-DNA (ITS) med nanopore-sekvensering, samt referensmetod enligt EUCAST för resistensbestämning av jästsvamp och Aspergillus-arter. Laboratoriet har för avsikt att implementera en specifik PCR-metod för påvisning av svampar tillhörande Mucorales.

Sahlgrenska Universitetssjukhuset är aktivt i både nätverk och forskning och har två representanter från Föreningen för Klinisk Mikrobiologi i Referensgruppen för Antimykotika (RAM). RAM samverkar med Infektionskliniker och kliniskt mikrobiologiska laboratorier i Sverige och erbjuder expertkunskap både gällande behandling och diagnostik av svampinfektioner. Genom RAM deltar laboratoriet i att ta fram ett sammanfattande dokument om svampdiagnostik ”Laboratoriediagnostik och farmakologisk monitorering av invasiva svampinfektioner i Sverige”. Laboratoriet är aktivt i SSKM (svenskt sällskap för klinisk mykologi, som regelbundet anordnar vetenskapliga möten om klinisk mykologi i Sverige) samt deltar i ett internationellt forskningssamarbete om svampinfektioner genom ECMM (European confederation of medical mycology).

Omvärldsbevakning och beredskap

Både Karolinska Universitetssjukhuset och Sahlgrenska Universitetssjukhuset bedriver en aktiv omvärldsbevakning inom olika aspekter av mykologi, vilket är en nödvändig del för att säkerställa kontinuerlig kunskaps- och metodutveckling. Detta sker genom aktivt deltagande i olika nationella och internationella forum, bl.a. deltar representanter från båda sjukhusen regelbundet på årliga möten i regi av Svenskt Sällskap för Kliniskt Mykologi (SSKM) och Nordic Society for Medical Mycology (NSMM), samt på den europeiska svampkongressen Trends in Medical Mycology (TIMM) och ESCMID Global (Congress of the European Society of
Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Laboratorierna bedriver och genomför också utbildningsinsatser i Sverige, till exempel SK-utbildning i klinisk mykologi, samt deltar i flera forskningsaktiviteter, bland annat genom ECMM.