Nationella referenslaboratorier för specialtekniker
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter samt övriga funktioner NRL tillhandahåller.
Omfattning
Metagenomik, virusisolering, elektronmikroskopi.
Fördelning av uppdrag
Folkhälsomyndigheten tillhandahåller snabb metagenomisk undersökning samt möjlighet för fortsatt, eller i förekommande fall primär, analys av potentiella smittämnen genom odling och elektronmikroskopi. Karolinska Universitetssjukhuset tillhandahåller en billigare metagenomisk undersökning med längre svarstid.
Referensdiagnostik
Önskemål av analyser behöver föregås av ett telefonsamtal till laboratorieläkare. Elektrommikroskopi utförs vid Robert Koch-Institutet i Tyskland. Analysen beställs med hjälp av Folkhälsomyndighetens remiss och transport till Tyskland och analyssvar på svenska kommer att tillhandahållas av Folkhälsomyndigheten.
| Analys | Metod | Svarstid | Ansvarigt Laboratorium | Avgift |
|---|---|---|---|---|
| Metagenomik | Sekvensering, NGS | 3–5 dagar | Folkhälsomyndigheten | 29 032 kr |
| Metagenomik, ytterligare provmaterial | Sekvensering, NGS | 3–5 dagar | Folkhälsomyndigheten | 7 280 kr |
| Metagenomik | Sekvensering, NGS | 10–14 dagar | Karolinska Universitetssjukhuset | 13 515 kr |
| Viruspåvisning | Elektronmikroskopi | 10–12 dagar | Roberth Koch-Institut, Tyskland | 2 818 kr |
| Virusisolering i BSL3 laboratorium | Odling | Enligt överenskommelse | Folkhälsomyndigheten | 9 573 kr |
| Virusisolering i BSL 4 laboratorium | Odling | Enligt överenskommelse | Folkhälsomyndigheten | 14 841 kr |
| Extraktion i BSL3 laboratorium | – | – | Folkhälsomyndigheten | 2 122 kr |
| Extraktion i BSL4 laboratorium | – | – | Folkhälsomyndigheten | 4 945 kr |
| Sekvensering i BSL3 laboratorium | – | – | Folkhälsomyndigheten | 5 652 kr |
| Sekvensering i BSL4 laboratorium | – | – | Folkhälsomyndigheten | 7 072 kr |
Referensmaterial
Kvalitetspanel för metagenomik kan beställas från QCMD. Utbyte av egenproducerat referensmaterial för laboratorier som använder och utvecklar metagenomik sker inom ramen för GMS-samarbetet.
Expertstöd
Folkhälsomyndigheten och Karolinska Universitetssjukhuset ger expertstöd och rådgivning kring fall där metagenomisk diagnostik övervägs samt tolkning av analysresultat.
Folkhälsomyndigheten ger även expertstöd och rådgivning till behandlande läkare kring alternativa eller kompletterande analyser såsom virusodling och användning av elektronmikroskopi.
Stöd för utveckling av metagenomisk diagnostik sker idag till stor del genom ett nationellt samarbete inom ramen för Genomic Medicine Sweden där alla universitetssjukhus, vissa regionala kliniskt mikrobiologiska laboratorium. Folkhälsomyndigheten ger även direkt stöd till vissa laboratorier som använder samma protokoll för metagenomik som myndigheten.
Utveckling och samverkan
Folkhälsomyndigheten utvecklar och validerar vid behov nya metoder själva eller i samverkan med andra nationella/internationella laboratorier. En plattform för nya och okända smittämnen har sedan tidigare etablerats. Plattformen består av möjlighet till propagering/isolering/odling av virus, bakterier och parasiter tillhörande skyddsklass 2, 3 och 4. Visualisering/påvisning kan ske genom ljus och elektronmikroskopisk analys. Myndigheten har också en väl utvecklad förmåga för metagenomik följt av avancerad bioinformatisk analys.
Medarbetare deltar regelbundet i nationella och internationella möten och konferenser för att skapa nätverk och uppdatera sig om aktuella rön och nya applikationer av NGS, inklusive metagenomik och bioinformatik
Utveckling av metagenomisk diagnostik sker idag genom ett nationellt samarbete inom ramen för Genomic Medicine Sweden där alla universitetssjukhus deltar.
Karolinska Universitetssjukhuset har en ledande roll inom utvecklingen av bioinformatikverktyg. Vid Karolinska Universitetssjukhuset bedrivs forskning inom området virusmetagenomik.
Omvärldsbevakning och beredskap
Folkhälsomyndigheten får via sitt uppdrag i det internationella hälsoreglementet tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (t.ex. EWRS, ECDC- och WHO kommunikation). Verksamhetschefen är dessutom national Microbiological Focal Point för ECDC och myndigheten får dagliga uppdateringar från ECDC om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser. En systematisk litteratur och mediabevakning finns på myndigheten som genom mejluppdateringar och dagliga 11-möten förmedlas till den laborativa verksamheten. Den omfattande omvärldsbevakning som finns vid myndigheten ligger till grund för beslut om etablering av nya diagnostiska metoder. Vad det gäller den elektronmikroskopiska verksamheten så finns samarbete och fjärrstyrning av mikroskopet etablerat med SVA vilket ger en extra beredskap för stöd vid bedömning av prov.
Myndigheten har även under 2024 utsetts att leda ett europeiskt referenslaboratorium (EURL) för ”Emerging, rodent-borne and zoonotic viral pathogens”, ett sju-årigt uppdrag som bland annat innefattar diagnostik av smittämne X, det vill säga, specialtekniker. Folkhälsomyndighetens deltar dessutom i ett likande EURL för ”high risk, emerging and zoonotic bacterial pathogens” vilket koordineras från Roberth Koch-institutet i Tyskland. Dessutom deltar myndigheten i ”Emerging Viral Diseases-Expert Laboratory Network”, EVD-labnet, ett nätverk av europeiska laboratorier med expertis inom vektorburna/zoonotiska virala smittämnen.
Myndigheten har därutöver ett beredskapsuppdrag som bland annat omfattar dygnet-runt-tillgång till klinisk mikrobiolog och vissa laboratorieanalyser av särskild vikt för folkhälsan.
Karolinska Universitetssjukhuset och Folkhälsomyndigheten deltar i European Network on NGS in Clinical Virology (ENNGS) som framför allt fokuserar på samarbete inom utveckling av metagenomisk diagnostik.