Nationellt referenslaboratorium för gastroenteritvirus
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter samt övriga funktioner NRL tillhandahåller.
Omfattning
Norovirus, sapovirus, rotavirus och adenovirus.
Referensdiagnostik
Diagnostik med PCR-påvisning av norovirus, sapovirus, rotavirus, astrovirus och adenovirus utförs 1–2 gånger/dag alla veckodagar. Resultatet besvaras inom 24 timmar. Vid behov av snabbare svar kan analys utföras med särskild snabb-PCR (FilmArray) som tar cirka en timme.
Genotypning av rotavirus med realtids-PCR avseende VP4 och VP7 utförs på begäran (inom en vecka).
Genetisk karakterisering (sekvensering och fylogenetisk analys) avseende norovirus, sapovirus eller rotavirus utförs på begäran (inom tre veckor).
| Analys | Metod | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|---|
| Gastroenteritvirus (noro-sapo- rota- astro och adenovirus), nukleinsyra | Realtids-PCR | 24 timmar | 809 kr |
| Rotavirus, genotypning VP4, VP7 | Realtids-PCR (Taqman) | 7 dagar | 1 200 kr |
| Rotavirus, fylogenetisk analys | Sanger sekvensering | 2–3 veckor | 2 100 kr |
| Norovirus, fylogenetisk analys | Sanger sekvensering | 2–3 veckor | 1 800 kr |
| Adenovirus, fylogenetisk analys | Sanger sekvensering | 2–3 veckor | 2 100 kr |
| Referensmaterial | Avgift |
|---|---|
| Feces/rectalswabb positivt för noro-, sapo-, rota-, astro- och adenovirus | Självkostnadspris |
Expertstöd
Expertis inom fältet viral gastroenterit kan ge råd och stöd via telefon eller e-post året runt. Expertstöd kan erbjudas för klinisk diagnostik och utredning av utbrott för kartläggning av smittkälla och spridning. För akut rådgivning finns möjlighet att nå jourläkare dygnet runt.
Vid laboratoriet finns särskilt expertis avseende rotavirus och norovirus typning och sekvensering ochfylogeni
Utveckling och samverkan
Laboratoriet har stor erfarenhet av egen utveckling av diagnostiska metoder och kan anpassa eller vid behov utveckla nya metoder. Det finns god beredskap för molekylärepidemiologisk utredning av utbrott av adenovirus, norovirus och rotavirus i samhället eller på sjukhus. Laboratoriet kompetens inom metodik för påvisning och analys av gastrointestinala virusinfektioner illustreras i flertalet publikationer.
Omvärldsbevakning och beredskap
Laboratoriets experter inom området följer fältet genom att ta del av publikationer och medverka i nationella och internationella möten och konferenser. Laboratoriet bedriver även egen forskning om norovirus och rotavirus främst vårdrelaterade infektioner i Sverige och samhällsförvärvade infektioner hos barn i Afrika samt följer dessa forskningsfält särskilt noga.