Nationellt referenslaboratorium för influensavirus och SARS-CoV-2

Omfattning

Influensa A/B, influensa A(H5/H7), nya eller zoonotiska influensavirus och SARS-CoV-2.

Referensdiagnostik

Vid oklara resultat i primärdiagnostik för influensa kan prover skickas till Folkhälsomyndigheten för utredning, för att utesluta metodologiska problem. Som en del av myndighetens övervakningsuppdrag, ska prover med oklara typningsresultat av influensa A skickas till Folkhälsomyndigheten för kostnadsfri vidare analys med fördjupad karakterisering för att utesluta nya influensavirus eller zoonotiska stammar såsom svininfluensa.

Akut analys av patientprover med misstanke om högpatogen influensa (H5/H7) utförs inom ramen för Folkhälsomyndighetens beredskapsdiagnostik. Här utförs även differentialdiagnostik för human influensa A/B och SARS-CoV-2, samt vid positivt fynd karakterisering av fågelinfluensa med sekvensering.

Vid behov av subtypning samt/eller karakterisering/resistensbestämning av human influensa A/B för handläggning av patientfall utförs sådan på förfrågan, se prislista i tabell 1.

Folkhälsomyndigheten tar emot SARS-CoV-2 PCR positiva prover för helgenomsekvensering vid specifika frågeställningar som kräver fördjupad analys. Analys av sekvenser som redan producerats på annat laboratorium kan göras på förfrågan, exempelvis vid utbrott eller resistensfrågeställningar. Folkhälsomyndigheten har stor erfarenhet av sekvensering av SARS-CoV-2 på olika plattformar och myndighetens experter finns tillgängliga för metodstöd. Folkhälsomyndigheten har erfarenhet av isolering av SARS-CoV-2 från pandemin och kan med relativt kort framförhållning återuppta denna metodik.

Referensmaterial

Folkhälsomyndigheten odlar aktuella influensastammar under hela säsongen och tillhandahåller stammar till de som önskar. Paneler distribueras i samarbete med Equalis i början av varje säsong och vid behov i samarbete med frivilliga laboratorier kan ytterligare verifieringar av kommersiella kit vara aktuella senare under säsongen.

Expertstöd

Folkhälsomyndigheten har många års erfarenhet av arbete med säsongsinfluensa, pandemier samt zoonotisk influensa. Under covid-19 pandemin har stor och multidisciplinär kunskap om SARS-CoV-2 utvecklats. Vi tar fram, samt deltar i framtagande av, rekommendationer rörande utbrottshantering, antiviral behandling och vaccination för både influensa och SARS-CoV-2. Vi delar gärna vår metodik för påvisning och typning med landets laboratorier.

Folkhälsomyndigheten har under pandemin med covid-19 ansvarat för utveckling och kunskapsstöd för diagnostik och sekvensering av SARS-CoV-2 och har byggt upp en stor expertis kring diagnostik och typning, utbrottsutredning och molekylärepidemiologi för virusvarianter. Myndigheten driver utveckling av datadriven mikrobiell övervakning genom plattformen GENSAM. Myndigheten har fortsatt stora uppdrag kring övervakning av epidemiologiska och virologiska aspekter av såväl SARS-CoV-2 som influensa och goda kanaler för att förmedla kunskap till landets laboratorier, smittskydd och infektionskliniker. Myndighetens experter är tillgängliga för frågor kring olika aspekter av såväl influensa som SARS-CoV-2.

Utveckling och samverkan

Folkhälsomyndigheten är i centrum av ett väl etablerat nationellt nätverk för de laboratorier som utför primärdiagnostik av influensa i och med myndighetens funktion som referenslaboratorium. Årligen anordnar myndigheten ”Säsongsvirusdagen” för att dela aktuell kunskap med målgrupper inom regionerna. Vi deltar i WHO:s arbete i egenskap av nationellt influensacenter genom GISRS (Global Influenza Surveillance and Response System) som arbetar mot en integrerad övervakning av influensa, SARS-CoV-2 och RSV.

Implementing the integrated sentinel surveillance of influenza and other respiratory viruses of epidemic and pandemic potential by the Global Influenza Surveillance and Response System (who.int)

Kontinuerlig metodutveckling säkerställer att diagnostiken kan fånga cirkulerande humana och zoonotiska influensastammar. Samarbete kring zoonotiska influensor med bla utbyte av prover och sekvensdata finns etablerat med Statens Veterinärmedicinska anstalt (SVA) och laboratoriet deltar i kvalitetspaneler för diagnostik av zoonotisk influensa.

I anslutning till NRL sker utveckling av metodik för seroepidemiologiska studier för luftvägsvirus samt utveckling av metodik och struktur för övervakning av luftvägsvirus i avloppsvatten, där metodiken för SARS-CoV-2 virusvarianter i avloppsvatten är i drift efter etablering i samarbete med SLU.

Folkhälsomyndigheten deltar regelbundet och bidrar med kunskap till WHO Europe/ECDC Laboratory network för luftvägsvirus där aktuella frågor rörande epidemiologi, diagnostik och vaccinationer behandlas. Myndighetens experter bidrar också till utformning av ECDCs och WHOs guidelines på området. Folkhälsomyndigheten driver aktivt utveckling av teknisk och bioinformatisk metodologi för övervakning av influensa och SARS-CoV-2 virusvarianter och samarbetar med akademin och regionala aktörer i forskningsprojekt kopplade till denna verksamhet.

Folkhälsomyndigheten deltar också i nätverket VEBIS (Vaccine Effectiveness, Burden och Impact Studies of influenza and covid-19) som finansieras av ECDC där vi tillsammans med 9 andra länder samlar data för vaccineffektivitetsberäkningar och som bidrar till WHOs vaccinbedömningar och design av säsongens vaccinsammansättning.

Omvärldsbevakning och beredskap

Folkhälsomyndigheten bedriver kontinuerlig omvärldsbevakning som utvärderas och distribueras till nationella intressenter bland annat genom de veckorapporter som publiceras på myndighetens hemsida samt under den årligt anordnade säsongsvirusdagen. Myndigheten får också regelbundet tillgång till global information ifrån WHO och ECDC. Myndigheten bedriver nationell övervakning via SmiNet samt har ett nära samarbete med de regionala smittskyddsenheterna.

Genom deltagande i internationella nätverk och fora hålls kunskapen om såväl influensa som SARS-CoV-2 ständigt uppdaterad och signaler på exempelvis problem med diagnostiken eller spridning av virulenta eller resistenta virus kommer snabbt till vår kännedom.