Nationella referenslaboratorier för luftvägsvirus

Omfattning

Adenovirus, metapneumovirus, parainfluensavirus, rhinovirus, RS-virus och övriga coronavirus (NL63, HKU1, OC43 och 229E).

Fördelning av uppdrag

Karolinska Universitetssjukhuset ansvarar huvuddelen av NRL-uppdraget för luftvägsvirus. Undantagen är: Folkhälsomyndigheten och Karolinska Universitetssjukhuset delar på uppdraget med fördjupande diagnostik, expertstöd och omvärldsbevakning gällande RSV och Sahlgrenska Universitetssjukhuset ansvarar för fördjupande diagnostik (genotypning) av adenovirus.

För frågor kring diagnostik hänvisas till respektive laboratorium enligt nedanstående förteckning. För övriga frågor kontaktas Karolinska Universitetssjukhuset om det inte är tydligt att frågan hanteras av Sahlgrenska Universitetssjukhus eller Folkhälsomyndigheten.

Referensdiagnostik

NRL erbjuder sensitiv diagnostik av luftvägsvirus samt fördjupat diagnostik för att identifiera genotyp av luftvägsvirus.

(a) Tillhandahålls som analyspaket tillsammans med influensa A/B och SARS-CoV-2.

(b) 4–5 dagar svarstid vid akut frågeställning.

Referensmaterial

(a) Transportkostnader tillkommer.

Expertstöd

Karolinska Universitetssjukhuset förmedlar expertstöd kring provtagning och diagnostik och inom upptagningsområde. Laboratoriet ger också rådgivning kring implementering och kvalitetssäkring av nya metoder för molekylär diagnostik av luftvägsvirus. Vilket inkluderar rådgivning kring analys av provmaterial som inte omfattas av tillverkarens rekommendation. Även utvärdering av nya kommersiella analysmetoder kan kommat utföras. Laboratoriet planerar även att starta flerlabbsutbyte eller kvalitetspanel för bocavirus, där det i dagsläget saknas externa kvalitetspaneler.

Folkhälsomyndigheten har många års erfarenhet av arbete med luftvägsvirus och arbetar med att utveckla en integrerad övervakning av luftvägsvirus, där RS-virus är i fokus på grund av stor sjukdomsbörda och stor potential hos de interventioner som har börjat introduceras i olika länder. Laboratoriet deltar i WHO:s arbete i egenskap av nationellt influensacenter genom Global Influenza Surveillance and Response System, GISRS som samordnar utveckling av integrerad övervakning av influensa, SARS-CoV-2 och RS-virus (Updated Guidance on integrated sentinel surveillance of influenza and other respiratory viruses, WHO 2024). Folkhälsomyndigheten deltar även i nätverket VaAccine Effecktivness, Burden and Impact Studies of influenza and covid-19, VEBIS som finansieras av ECDC där Folkhälsomyndigheten tillsammans med 9 andra länder samlar data för vaccineffektivitets-beräkningar och som bidrar till WHOs vaccinbedömningar. och design av säsongens vaccinsammansättning. RS-virus kommer att integreras även i detta arbete, där sentinel-provtagningen inom primärvården är en avgörande del. Genom deltagande i internationella samarbeten samt egen övervakningsaktivitet bygger Folkhälsomyndigheten kunskap kring RS-virus som delas med landets kliniska mikrobiologiska laboratorier. Laboratoriet delar protokoll för typning av RS-virus A/B samt i framtiden av etablerad sekvenseringsmetodik.

Utveckling och samverkan

Karolinska Universitetssjukhuset kommer inom kort införa sekvensering av enterovirus och rhinovirus med NGS, som ersätter dagens typning med Sanger-sekvensering. I ett pågående forskningsprojekt undersöker laboratoriet i vilken utsträckning Ct-värde för luftvägsvirus kan användas i bedömning av sjukdom/smittsamhet. I samarbete med infektionskliniken vid Astrid Lindgrens barnsjukhus kartläggs diagnostikens betydelse för vård av barn.

Folkhälsomyndigheten har utvecklat en metod för PCR-typning till RS-virus A/B som nu är i drift. RS-virus har inkluderats i utvecklingen av seroepidemiologiska studier för att kartlägga immunitet hos befolkningen och serologisk metodologi för RS-virus på MesoScale-plattformen är under utvärdering. Folkhälsomyndigheten samverkar genom sitt övervakningsuppdrag med samtliga laboratorier och smittskyddsenheter i landet, kontinuerligt och i specifika projekt. Inom Folkhälsomyndigheten finns expertis inom såväl epidemiologi som vaccinologi och kompletterande NRL samverkar med dessa för att metodiken ska vara relevant för aktuella frågeställningar.

Karolinska Universitetssjukhuset och Folkhälsomyndigheten har gott samarbete kring luftvägsvirus. Detta kommer att formaliseras kring RS-virus, med regelbundna träffar för metodutveckling, övervakning och omvärldsbevakning.

Omvärldsbevakning och beredskap

Karolinska Universitetssjukhuset har påbörjat ett utvecklingsprojekt för att etablera analysmetoder för detektion av luftvägsvirus med PCR-metoder som inte kräver nukleinsyra-extraktion. Sådana skulle lämpa sig väl för storskalig provtagning och analys som kan krävas vid utbrott av luftvägsvirus. Laboratoriet har kapacitet för analys av minst ytterligare 20 000 prover/vecka med extraktionsfri metod, vilket kan ökas ytterligare vid behov.

Folkhälsomyndigheten bedriver kontinuerlig omvärldsbevakning som utvärderas och distribueras till nationella intressenter. Myndigheten får också regelbundet tillgång till global information ifrån WHO (genom GISRS) och ECDC. Genom internationella nätverk har Folkhälsomyndigheten tillgång till världsledande expertis inom RS-virus, epidemiologi och metodutveckling. Myndigheten bedriver nationell övervakning vid SmiNet, där rapportering av RS-virus infektioner idag sker på frivillig basis då RS-virus infektion ännu ej är anmälningspliktig. Processen för att RS-virus ska vara anmälningspliktig pågår på nationell och på EU- nivå med förhoppning att det ska vara anmälningspliktig under 2025.